Dejo un link que me ha servido de mucho para poder solucionar el problema que he tenido al instalar Magento en un servidor windows.
Para la instalar-activar mcrypt:
http://morenogil.com/victor/blog/2009/06/12/cargar-extension-mcrypt-php-iis/
Para activar php_pdo_mysql simplemente nos vamos al mismo php.ini de antes y buscamos
;extension=php_pdo_mysql.dll
lo descomentamos quitando el ; y grabamos. A mi me ha funcionado a la primera con estos dos pasos.
